L'énigme navale était différente de l'armée et de la Luftwaffe Enigma et plus complexe à casser. Premièrement, deux roues supplémentaires ont été ajoutées, de sorte qu'il est maintenant possible de choisir entre trois parmi cinq, soit un total de 336 commandes de roues possibles. Deuxièmement, pour renforcer la sécurité, un système d’indicateurs différent a été appliqué; au lieu de transmettre les indicateurs directement, ils ont été super chiffrés à l'aide de tables bigrammes.

Au milieu de 1940, à la suite de l'occupation allemande de la France, les sous-marins allemands avaient désormais un accès facile à l'Atlantique depuis le golfe de Gascogne. La Grande-Bretagne était devenue extrêmement dépendante des importations et importait la moitié de sa nourriture et de tout son pétrole. À un moment donné, la Grande-Bretagne n'était qu'à trois jours de la pénurie de nourriture et il était donc crucial que le code naval Enigma soit enfreint. Au début du mois de mai 1940, le texte en clair assorti et le texte de cryptage Enigma sont devenus disponibles à partir du Schiff 26, capturé au large de la côte norvégienne.

Avec 336 combinaisons de rotors possibles et le déchiffrement du double indicateur, les méthodes habituelles de déchiffrement de code étaient vaines. C'est pourquoi Alan Turing a inventé une nouvelle technique de déchiffrage de code appelée Banburismus. Le but de cette méthode était d’identifier la roue droite et la roue médiane et de réduire ainsi le nombre possible de commandes de roues de 336 à 20.

La percée a eu lieu en février et juin 1941, lorsque des chalutiers ont été capturés avec un équipement de chiffrement et des codes.

En 1952, à Manchester, Alan Turing a été reconnu coupable "d'actes de grossière indécence" à la suite de son admission dans une relation avec un autre homme. Dans sa défense, Turing a déclaré qu'il ne considérait pas qu'il avait fait quelque chose de mal. À la suite de cette condamnation, Turing a reçu des injections d’œstrogène pendant un an, et suite à ça, se suicide.

En plus de continuer à casser le Dolphin Enigma, Clarke et l’équipe navale Enigma se voient confier la responsabilité de casser le Shark Enigma. L’équipe de Hut 8 réussit à casser le code à la mi-décembre 1942 , mais à la fin de 1943, l’unité américaine de codebreaking a repris la responsabilité de continuer avec Shark Enigma. En conséquence, de nombreux membres du personnel de Hut 8 ont été mutés dans d'autres parties du parc Bletchley. Joan Clarke resta toutefois dans la Hut 8 et devint chef adjoint au début de 1944. Elle et son équipe continuèrent à casser l'énigme de la marine jusqu'à la fin de la guerre. La guerre dans l'ouest du pays prit officiellement fin le 9 mai 1945 à minuit.

En 1947, Clarke a été nommée membre de l'Empire britannique pour son expertise en matière de déchiffrage de code pendant la guerre, mais en raison des restrictions imposées par la loi sur les secrets officiels, son travail devait rester confidentiel pendant de nombreuses années. L'effort de déchiffrement du code s'est poursuivi lorsque le GCCS a été renommé GCHQ (quartier général des communications gouvernementales) et a été transféré à Eastcoast. Clarke a été mutée au successeur de Bletchley Park où elle a rencontré un collègue nommé le lieutenant-colonel J (Jock) K. Murray, un officier de l'armée à la retraite, qu'elle a épousé en 1952.

Peu de temps après leur mariage et en raison de la mauvaise santé de son mari, le couple s'installa en Écosse où ils s'intéressaient tous les deux à l'histoire écossaise. C'est de son mari que Clarke s'intéressa à l'histoire numismatique, car il avait publié de nombreux articles importants sur la frappe écossaise des XVIe et XVIIe siècles. Ils revinrent à Cheltenham en 1962 et Clarke rejoignit le GCHQ où elle resta jusqu'à sa retraite à l'âge de 60 ans en 1977. En 1974, après la levée des restrictions de la Loi sur les secrets officiels, les détails du brillant travail de briseur de code devinrent largement connus. La Bombe et l'impact de toutes leurs entreprises ont commencé à émerger.

En 1986, après le décès de son mari, Clarke a déménagé à Headington, près d’Oxford. En 1987, Clarke reçut la médaille Sandford Saltus, la plus haute distinction de la Société, élue par ses membres pour ses contributions savantes à la numismatique britannique. Après sa retraite, Clarke a également assisté Sir Harry Hinsley dans ce qui est devenu l’Annexe 2 du Volume 3, Numéro 2 des Services de renseignement britanniques de 1988 dans la Seconde Guerre mondiale, une évaluation substantiellement révisée des contributions polonaise, française et britannique pour briser l’énigme. En 1987, la pièce de théâtre "Breaking the Code" de Hugh Whitmore, consacrée à la vie d'Alan Turing, est ouverte à Londres. La pièce est basée sur le livre de 1983 "Alan Turing, the Enigma" de Andrew Hodges. Whitmore a basé le personnage de la pièce nommée Pat Smith sur Joan Clarke. Clarke a coopéré avec Andrew Hodges lorsqu'il a fait des recherches et écrit son livre. Joan Clarke est décédée chez elle à Headington, Oxford. On se souvient d'elle comme de "l'une des très bonnes cryptanalystes" de GCHQ qui a été appréciée et admirée par ses collègues tout au long de sa longue et dévouée carrière.

Les contributions et les réalisations de Joan Clarke en mathématiques à Bletchley Park restent inconnues, en raison du secret persistant parmi les cryptanalystes. En outre, le travail de Clarke est encore quelque peu éclipsé par sa relation avec Alan Turing. Joan Clarke a joué un rôle notable dans les réalisations cruciales de la Grande-Bretagne pendant la Seconde Guerre mondiale et il est clair que son expertise en mathématiques sur l'énigme navale a permis de raccourcir la guerre et de sauver ainsi des milliers de vies.